ปี พ.ศ. 2547 มหาวิทยาลัยขอนแก่น จัดตั้ง “สำนักบริหารการวิจัย” ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 3/2547 ลงวันที่ 28 เมษายน 2547 สังกัดสำนักงานอธิการบดี ภายใต้การกำกับดูแลของรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและการถ่ายทอดเทคโนโลยี โดยเป็นหน่วยงานกลางในการสนับสนุนและส่งเสริมภารกิจด้านการวิจัยของมหาวิทยาลัยขอนแก่น
ปี พ.ศ. 2555 มหาวิทยาลัยขอนแก่น จัดตั้ง "กองบริหารงานวิจัย" ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 5/2555 ลงวันที่ 9 ตุลาคม 2555 เรื่อง "การจัดตั้งหน่วยงานภายในสำนักงานอธิการบดี"
ปี พ.ศ. 2561 มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้มีการปรับปรุงการแบ่งหน่วยงานภายในสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศ ฉบับที่ 312/2561 เรื่อง “การแบ่งหน่วยงานสำนักงานอธิการบดี” โดย “กองบริหารงานวิจัย” มีสถานะเป็น “หน่วยงานบริหารจัดการกลางของมหาวิทยาลัย” และตามเอกสารแนบท้ายประกาศมหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 737/2561 เรื่องการเปลี่ยนชื่อหน่วยงานภายในของสำนักงานอธิการบดี ชื่อภาษาอังกฤษของกองบริหารงานวิจัย เรียกว่า “Research Administration Division”
ตาม เอกสารแนบท้ายประกาศมหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 313/2561 เรื่อง “การแบ่งหน่วยงานย่อยของหน่วยงาน สำนักงานอธิการบดี” มหาวิทยาลัยขอนแก่นได้กำหนด “บทบาทหน้าที่รับผิดชอบของกองบริหารงานวิจัย” ได้แก่ การวางแผนและบริหารจัดการงานวิจัยของมหาวิทยาลัย การจัดหาและจัดสรรทุนวิจัย การจัดทำแผนยุทธศาสตร์และทิศทางการวิจัยของมหาวิทยาลัย จัดทำ ประสาน โครงการวิจัย จัดทำแผนบริหารงานวิจัยและทำคำของบประมาณการวิจัย ติดตามการวิจัยทั้งภายในและภายนอก ประสานและสร้างเครือข่ายการวิจัยกับหน่วยงานภาครัฐและเอกชน แหล่งทุน และผู้ใช้ประโยชน์จากงานวิจัย สนับสนุนการตีพิมพ์ ระบบฐานข้อมูลวิจัย รายงานผลการปฏิบัติงานตามแผนงานวิจัย การส่งเสริมและเผยแพร่ผลงานวิจัย จัดทำสารสนเทศการวิจัย วารสารวิจัย การให้รางวัลเชิดชูเกรียติผลงานวิจัยและนักวิจัยดีเด่น การฝึกอบรมบุคลากร นักวิจัยเพื่อให้ได้รับการตีพิมพ์เผยแพร่ในระดับชาติ นานาชาติ และปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
ตามประกาศมหาวิทยาลัยขอนแก่น ฉบับที่ 313/2561 เรื่อง “การแบ่งหน่วยงานย่อยของหน่วยงาน สำนักงานอธิการบดี” กองบริหารงานวิจัย ได้แบ่งหน่วยงานย่อยออกเป็น 2 งาน ได้แก่
(1) งานทุนวิจัย
(2) งานส่งเสริมการวิจัย
